ガメリカが開発した戦争兵器「コア」が暴走を始める。人類に対して破壊、暴力、略奪、蹂躙を繰り返すこの兵器は世界各国を浸食していく。世界が怨嗟の声で満ちあふれる中、東郷長官が指揮する日本帝国艦隊は人類最後の希望を背負いこの最終兵器に向かっていく。そして明かされる人類誕生と宇宙怪獣の謎。果たして生き残るのは、人か、機械か－－－!？
