ついに五菱との全面対決が始まる！　千歌、小夜子、カレン、洋子、楊は廃墟となった団地にて新メデューサを迎え撃つ！　だが、千歌たちの前に現れたのは記憶を失ったカチュア！　戦友が最強の敵として襲来する！

東犀病院とのケリをつけた千歌たちは、さらなる標的を求め北へ旅立つ。一方、西で医師狩りを続けるカレンたちに五菱の手が迫る！　独りで敵に囲まれたカレンの運命は‥‥？

真聖教団との戦いが終結し、生き延びた千歌たち。つかの間の平和な日々が訪れるが、千歌たちの心にはある思いが芽生えていた。それは自分たちのようなメデューサをこれ以上生み出さないため、『真の敵』に戦いを挑む決意だ…

運命を『読む』シグマを倒すために、千歌は秘策で自らの運命を『変える』！　燃え盛る炎に囲まれて、ついに千歌としぐまが最後の戦いを始める！　『真聖教団編』完全決着！！

真聖教団の最深部、『奥の院』で真希への『血の儀式』が続く！　教祖のモノに貫かれ自我を次々に塗り潰される真希。儀式が終わった時、真希の身に起こる驚愕の変化とは……！？