江戸末期、万次は坂本龍馬と共に京を訪れる。待ち構えていたのは「逸番隊」なる裏の部隊を操る新選組だった。池田屋の戦いを経て、攘夷派の勢いは失速。龍馬は倒幕の決意を万次に伝え、「幕末四大人斬り」の一人である河上彦斎と共に京に潜んだ。そのころ逸番隊は、岡田以蔵の偽者を用いて万次らをおびき寄せる計画を立案。のみならず、不死身の怪物へと転生させた芹沢鴨の出撃準備を整えていた。両陣営が天王山の地で激突する！

江戸末期、不死身の用心棒こと万次は坂本龍馬とともに京の都を訪れる。そこで待ち構えていたのは「逸番隊」なる裏の部隊を操る新選組だった。夏のある日、万次は池田屋で攘夷志士達の会合に加わるが、近藤勇ら新選組の襲撃を受ける。桂小五郎の用心棒を引き受けた手前、沖田総司と対決することに。過去の強敵をも凌駕する剣技に防戦一方の万次は、ついに因縁深き「最悪の男」の戦法に活路を見出す。幕末最大の夢舞台、ついに決着！

江戸末期、不死身の用心棒こと万次は坂本龍馬とともに京の都を訪れた。そこで待ち構えていた新選組は「逸番隊」なる裏の部隊を結成し、土佐の武市半平太を捕縛する。思い詰めた岡田以蔵は「一緒に江戸へ行こう」という龍馬の誘いを断り、自ら新選組の軍門に下った。やがて万次は桂小五郎と接触し、攘夷派の志士が集結する池田屋へと向かう。そこを踏み込んだ近藤勇、沖田総司ら新選組。幕末最大の悪夢「池田屋事件」が幕を開けた。

あの伝説のネオ時代劇『無限の住人』の公式続編が始動！　逸刀流との戦いから八十年余り、時は幕末。土佐で隠遁していた「不死の侍」万次はある志士の訪問を受ける。その男の名は坂本龍馬。「土佐藩士たちを護ってほしい」と請われた万次は龍馬を伴い京の都を初めて訪れる。そこで待ち構えていたのは新選組。ご存じ最強の佐幕派武闘集団が牙を剥いた――。最強の剣士は誰か？　龍馬を斬ったのは誰か？　万次だけが全てを識る！

逸刀流のうち江戸城襲撃に加わらなかった面々は、阿葉山宗介に率いられ常陸を目指す。それらを追う幕府の前新番頭・吐鉤群と六鬼団。逸刀流重鎮の果心居士は六鬼団の伴と燎を山に誘い込み牙をむく。潰し合いの闘いが続く中、かつての主、吐の力になろうと偽一と百琳も駆けつける。一方、万次と凜も天津影久との決戦に向け常陸を目指す。

最終章!!　幕開けは鬼の襲撃―!!!　現存する逸刀流を殲滅するべく吐鉤群の下に結集した『六鬼団』。一方、吐によって流派壊滅の危機に晒された天津影久は逸刀流に心酔する亜門らを仲間に加え、吐との全面戦争に決起を誓う。そんななか、逸刀流の馬絽祐実に間違えられた万次が六鬼団に襲撃され…!

公儀御様御用斬首人（こうぎおためしごようざんしゅにん）・山田浅右衛門吉寛（やまだあさえもんよしひろ）、人呼んで“首斬り浅”登場――。万次（まんじ）を地下牢に幽閉した番衆（ばんしゅう）・吐鉤群（はばきかぎむら）の目的は、不死の秘法を医学的に解明し、これを実用とすることであった！

凶戴斗（まがつたいと）vs.尸良（しら）！　死闘が幕を開ける――!!　凜（りん）を追い加賀へ向かう道中、万次（まんじ）の前に現れた狂剣士・尸良。恋（れん）の仇討ちのため、万次と行動を共にしていた逸刀流（いっとうりゅう）剣士・凶戴斗は、万次の計らいで“地の利”を得、尸良との一騎打ちを迎える。

百淋（ひゃくりん）ら謎の暗殺集団『無骸流（むがいりゅう）』に招かれた万次と凜。逸刀流（いっとうりゅう）統首・天津影久(あのつかげひさ) を討つという共通の目的を持った両者は、一時的に共闘する事になる――。

父を殺し、母を攫った剣客集団『逸刀流（いっとうりゅう）』に復讐を誓う少女・浅野 凜（あさのりん）は、「百人斬り」の異名を持ち、己の身体に血仙蟲（けっせんちゅう）という虫を寄生させることで不死の肉体を持った剣士・万次（まんじ）を用心棒として雇い、逸刀流の統主である宿敵・天津影久（あのつかげひさ）を追う旅を始める。